«آزاداندیشی خاصیت علمی بودن است و تحجر در میدان علم، اصولاً معنا ندارد. آزاداندیشی جاری در حوزه، از قبل نیز بیشتر است اما این آزاداندیشی باید در سطوح مختلف گسترش و تعمیق یابد و اهل فکر، در همه رشته ها، همه گونه آراء و افکار خود را، آزادانه بیان کنند.
در تضارب آرا و اندیشه ها، «علم» باید برترین ارزش را در حوزه ها داشته باشد البته تقوا و زهد و خشوع ارزشهای برتر است اما «علم» قابل سنجش و محک زدن است و از این منظر «عالم ترین» افراد باید در حوزه ها دارای بیشترین ارزش ها باشند.
استاد حوزه با مطالعه و تأمل، «فکر نو» تولید کند تا حوزه به آفات نظام جدید آموزش مبتلا نشود.» (بخشی از بیانات در دیدار فضلا و طلاب نخبه حوزه علمیه قم ۱۳۸۹/۰۸/۰۳)
«فكر كنيد، بگوئيد، بنويسيد، در مجامعِ خودتان منعكس كنيد؛ آن كرسىهاى آزادانديشى را كه من صد بار – با كم و زيادش – تأكيد كردم، راه بيندازيد و اينها را هى آنجا بگوئيد؛ اين ميشود يك فضا. وقتى يك فضاى گفتمانى به وجود آمد، همه در آن فضا فكر ميكنند، همه در آن فضا جهتگيرى پيدا ميكنند، همه در آن فضا كار ميكنند؛ اين همان چيزى است كه شما ميخواهيد. بنابراين اگر چنانچه اين كارى كه شما مثلاً در فلان نشستتان، در فلان مجموعهى دانشجوئىتان كرديد، فكرى كه كرديد، ترجمهى عملياتى نشد، به صورت يك قانون يا به صورت يك دستورالعمل اجرائى درنيامد، شما مأيوس نشويد؛ نگوئيد پس كار ما بىفايده بود؛ نخير. و من به شما عرض بكنم؛ در اين پانزده شانزده سال اخير، همين حركت علمىاى كه آغاز شده، همين جور آغاز شده؛ همين جور امروز علم شده يك ارزش؛ چند سال قبل اينجورى نبوده. ما همين طور روزبهروز هى پيش رفتيم.» (بيانات در ديدار جمعى از نخبگان و برگزیدگان علمى ۱۳۹۰/۰۷/۱۳)
«یک نکتهی دیگری که یکی از دانشجویان عزیز گفتند، [این بود که] کرسیهای آزاداندیشی به معنای واقعی کلمه تشکیل بشود. کاملاً درست است؛ من موافقم که کرسیهای آزاداندیشی تشکیل بشود. ما که گفتیم کرسی آزاداندیشی، از اوّل نظرمان همین بود؛ کسی بیاید و نظر مخالف خودش را هم بگوید؛ منتها شما جوانِ دانشجوی انقلابیِ مسلمانِ ولائی، آن قدرت منطق و قوّت استدلال را پیدا کنید که بتوانید قشنگ بروید با خونسردی در مقابل او قرار بگیرید و استدلال او را باطل کنید؛ این خوب است، این درست است. و این امروز ممکن است؛ [شاید] ده سال پیش، دوازده سال پیش، پانزده سال پیش این کار ممکن نبود، امروز ممکن است. امروز جوانهایی که در حوزهی دیانت فعّالیّت میکنند و تواناییهای خوب فکری دارند، فراوانند؛ اشکال ندارد. البتّه یک آداب و ترتیبی دارد؛ یعنی کرسی آزاداندیشی یک ترتیبات و آدابی دارد که باید عقلای مسئولین دستگاهها بنشینند این ترتیب و آداب را -که بتوانند درست هدایت کنند این کرسیها را که کار خودش را انجام بدهد- مشخّص کنند. این هم یک نکته بود.» (بیانات در دیدار جمعى از دانشجویان در بیست و چهارمین روز ماه مبارک رمضان، ۱۳۹۴/۰۴/۲۰)
برگرفته از پایگاه اطلاع رسانی مقام معظم رهبری