امین در سال 194 ق. برادرش مأمون را از ولیعهدی عزل و پسرش موسی را به ولیعهدی انتخاب و در سال 195 ق. علی بن عیسی را به فرماندهی سپاه منصوب و متوجه خراسان جهت جنگ با مأمون کرد و مأمون نیز، طاهر بن حسین را به فرماندهی سپاه منصوب و او را به جنگ علی بن عیسی، به طرف همدان فرستاد و سپس طاهر در جنگی او را به قتل رساند.
در سال 198 ق. صفوان بن یحیی، از یاران مخلص امام هشتم(ع) در مدینه به محضر امام شرفیاب شد و درباره جانشین و امام بعد از او پرسید که: پس از تو تکلیف ما چیست؟ و امام ما چه کسی خواهد بود؟ امام رضا(ع) به امام جواد(ع) اشاره فرمودند و سپس گفتند: کمی سن ایرادی ندارد؛ چون حضرت عیسی(ع) به پیشوایی و پیامبری رسید در حالی که کمتر از سه ساله بود.
در سال 199ق. قیام ابوالسرای در کوفه رخ داد، نام اصلی او سری بن منصور شیبانی بود و محمد بن ابراهیم علوی، معروف به ابن طباطب همراه وی بود. ابوالسرایا با شعار الرضا من آل محمد خواستار حکومت بر اساس قرآن و سنت پیامبر(ص) و سیره علی(ع) بود، اما امام رضا(ع) با این نهضت همکاری نکرد و به طور آشکار شکست آن را پیش بینی نمود.
در سال 200 ق. اولین سفر امام جواد(ع) در معیت پدر بزرگوارشان امام رضا(ع) برای زیارت خانه خدا رخ داد. در این سفر، امام جواد(ع) 5 ساله بود. اربلی در کتاب دلائل حمیری نقل می کند از قول امیة بن علی که گفت: من در این سفر در کنار حضرت رضا(ع) و جوادالائمه(ع) حضور داشتم.
در همین سال امام رضا(ع) توسط مأمون به مرو احضار شد و ولایتعهدی به ایشان پیشنهاد شد. مأمون برای به دست آوردن امتیازات سیاسی و جلب توجه علویان و ایرانیان به خود و نیز خاموش کردن قیام علویان، به رجاء بن ابی ضحاک و طاهر بن حسین دستور داد امام رضا(ع) را از راه بصره و اهواز و فارس به مرو آورند و سپس ولایتعهدی را به ایشان تحمیل نمود.
در سال 202 مردم بغداد به علت عدم توجه مأمون به عباسیان و قدرت یابی بیش از حد خاندان سهل و ولایتعهدی امام رضا(ع) دست به شورش زدند و با ابراهیم بن مهدی بیعت کردند و بر ضد حسن بن سهل قیام نمودند. به دنبال آن، مأمون به سوی بغداد حرکت کرد و برای فرونشاندن شورش عباسیان دو مانع بزرگ را از بین راه برداشت: فضل را در حمام سرخس به قتل رساند و سال بعد، امام رضا(ع) را در طوس، به شهادت رساند.
در سال 202 امام جواد(ع) برای دیدار پدر بزرگوارش به خراسان مسافرت میکنند. ابوالحسن بیهقی در کتاب خود به گزارش این سفر پرداخته و ذکر می کند که امام جواد(ع) در این سفر 7 ساله بود.در سال 203 ق.امام رضا(ع) توسط مأمون در طوس با انگور زهرآلود به شهادت میرسد و امامت امام جواد(ع)آغاز میشود که مدت 17 سال طول کشید.
در سال 204 ق. مأمون به بغداد وارد می شود و آنجا را پایتخت قرار می دهد. وی پس از یک هفته، دستور داد لباس سبز را که نشانه علوی بودن بود، از تن درآورند و لباس سیاه که علامت عباسیان بود، بر تن کنند.
در همین سال امام جواد(ع) به دعوت مأمون وارد بغداد شد. در این سفر، مأمون بین امام و قاضی القضات بغداد، به نام یحیی بن اکثم با حضور علما و فقها مناظره ای تشکیل داد که امام(ع) ـ در این زمان که 9 سال داشت – با سربلندی از مناظره بیرون آمد.
مأمون زمینه ازدواج امام جواد(ع) با ام الفضل دخترش را فراهم کرد. هدف مأمون از این ازدواج، اولاً: رسیدن به نوعی شهرت و اعتبار از طریق داماد جوان و دانشمندش، ثانیاً: از دامادی امام به عنوان تأیید و مشروعیتی بهره برداری کند، و ثالثاً: امام(ع) را در درون منزل نیز مورد کنترل قرار دهد و رابعاً: به نوعی خود را در شهادت پدرش امام رضا(ع) – که همه، مأمون را متهم به قتل او میدانستند – تبرئه کند.در سال 205 ق. امام جواد(ع) همراه همسرش ام الفضل از بغداد به مدینه بازگشت.
امام در سال 211 ق. با سمانه مغربیه ازدواج کرد و در سال 212 امام هادی(ع) در مدینه به دینا آمد. در سال 213 ق. موسی مُبرقع، پسر امام جواد(ع) در مدینه متولد شد. او در سال 256 ق. وارد قم شد و در سال 296 ق. در این شهر رحلت نمود. وی اولین فرد از سادات رضوی است که وارد قم شد. وی جد بُرقعی ها و رضوی هاست.
در سال 214 ق. نیز حکیمه خاتون دختر امام جواد(ع) متولد شد که ایشان در سال 274 ق. در سامرا وفات نمود. در سال 215 ق امام بار دیگر از مدینه به بغداد سفر نمود و از آنجا برای ملاقات با مأمون به تکریت سفر کرد و سپس امام به همراه همسرش ام الفضل در ایام حج به مکه مشرف شد و آنگاه به مدینه رفت و در آنجا اقامت گزید.
در سال 218 امام جواد(ع) از مدینه به مکه سفر کردند که امام هادی(ع) نیز همراهش بود. در محرم 220 ق. امام جواد(ع) از مدینه به بغداد سفر کرد و هنگام خروج از مدینه، امام هادی(ع) را وصی خود قرار داد و به همراه همسرش ام الفضل وارد بغداد شد. معتصم ابتدا از امام(ع) به خوبی پذیرائی کرد و به او هدایای زیادی داد و سپس او را ممنوع الملاقات نمود. در ذیقعده همان سال امام جواد(ع) به دست همسرش ام الفضل با همدستی برادرش جعفر بن مأمون و عمویش معتصم به شهادت رسید.
معتصم و جعفر، سمّی را در انگور رازقی تزریق کردند و برای ام الفضل فرستادند. ام الفضل نیز آنرا در میان کاسه ای گذاشت و جلو همسر جوانش امام جواد(ع) نهاد و از آن توصیف بسیار نمود. سرانجام امام جواد(ع) از آن انگور خورد و طولی نکشید آثار سم را در جگر خود احساس کرد و کم کم درد شدیدی بر او عارض شد. در همان حال، ام الفضل از کرده خویش پشیمان شد و به گریه افتاد. حضرت به او فرمود: چرا گریه می کنی؟ اکنون که مرا کشتی، گریه تو سودی ندارد. این را بدان که به خاطر این خیانتی که کردی، به چنان دردی مبتلا شوی که هرگز علاج ندارد و چنان به فقر و تنگدستی مبتلا گردی که جبران پذیر نباشد.
بر اثر نفرین آن حضرت، دردی در ام الفضل پدیدار گردید و همه اموالش را در راه معالجه آن مصرف کرد و به فقر و بدبختی افتاد و به بدترین شکل مُرد و برادرش جعفر نیز در حال مستی، به چاه افتاد و جسد بی جانش را از چاه بیرون آوردند.